这时候吕布不慌不忙的掏出准备好的诏书，喊道：“皇帝有诏讨贼臣！其余不问！”

“庸狗敢如是邪！”董卓感到无比荒唐，“我，皇帝之外戚。若无我，当今岂能登基？”

“杀了他，不许他胡乱说话。”吕布立率众人上前将董卓当场斩杀。

太师府主薄田景及仆人上前抱住董卓的尸体，吕布又将他们杀死，杀了这三人之后，其他的人都不敢动，跪地求饶。吕布紧闭全部宫门，割董卓之首，向王允复命：“幸不辱命！”

司徒王允大喜，请皇帝任命总录尚书事，又任命皇甫嵩为征西将军。任命吕布为奋武将军，假节，仪比三司，又将自己的温侯送给吕布。然后令两人杀掉领禁军的董卓侄儿董璜。

皇甫嵩得令，既犹豫，又迟疑：“我与董卓虽有间隙，也不至于尽灭其家人。”

“这是此人之意！”士孙瑞指了指远处的吕布，“定要将军交投名状！”

吕布是反戈一击之人，已无路可走，反而比王允更疯狂。

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皇甫嵩在前，吕布军在后，向郿坞行去。董卓一死，凉州军皆惊恐万分，打算四处逃窜，驻守的董旻控制不住军队。

皇甫嵩令数千人轮流进攻，郿坞之兵遂开城投降，皇甫嵩、吕布蜂拥而入，将董卓上到八十老母，下到侍妾怀中幼儿，皆杀之，将金银财物一一大捷，吕布自取貂蝉，而将士有样学样，抢劫妇女，又把堡坞中大批粮食拉回长安。

王允又令安抚长安之兵，中郎将徐荣乃幽州人，当即投靠，中郎将胡轸因为败于孙坚，不受重用，与董卓疏离，亦伏地投效，王允让他们一一交上投名状或质子。

董卓虽死，中郎将牛辅、董越、段煨等率兵还屯驻长安以东的安邑、陕县、华阴一线，以阻挡关东盟军西进长安，雍凉之兵，这些将领手中都还握有重兵。 轻文书屋

段煨投效，而牛辅、董越因为是董卓亲属，见董卓、董旻、董璜全家皆死，不愿也不敢投效。

吕布建议将凉州军司马、军侯以上将官全部杀死，以并州或关东人代替，然后整顿兵马再向东进攻。

王允说：“此辈无罪，不可杀，有错的是校尉以上官员。”

吕布又建议以皇甫嵩为太尉，安抚凉州人，尤其是牛辅部，而后徐徐图之。李傕、郭汜皆牛辅部下，带兵数万攻击朱俊未回，这是董卓军精锐中的精锐。

王允认为安抚重用凉州人会让袁绍、袁术产生误会，遂不用吕布之计。为了不打击吕布积极性，封其属下李肃为中郎将，封张辽为北地太守。